Давно  была интересна эта тема, но руки никак не доходили до того, чтобы  привести это в действие: научиться устраивать пошаговый дебаг в 
Zend Studio.
Итак, мне удалось настроить работу 
Zend Debugger в 
Linux Ubuntu и в 
Windows 7. В этой части статьи будет приведен пример настройки в 
Ubuntu.
Нехитрое дело посмотреть в 
инструкцию по установке. Сразу оговорюсь, отключите 
eAccelerator, с ним 
Zend Debugger глючит.
Для начала качаем 
Studio Web Debugger с 
официального сайта. Также очень рекомендую поставить 
Studio Browser Toolbars для Firefox (качается оттуда же и сильно облегчает жизнь в последующем):
  | 
| Studio Browser Toolbars в браузере Firefox 3.6 | 
Zend Debugger является модулем для 
PHP. Далее некоторые нюансы для разных версий 
PHP могут различаться, в моем случае был рассмотрен 
PHP 5.3.3. Из  архива достаем ZendDebugger.so, соответствующий нашей версии 
PHP и  копируем его в директорию /usr/lib/php5/20090626+lfs. Прописываем в php.ini новый модуль и базовые настройки:
zend_extension = /usr/lib/php5/20090626+lfs/ZendDebugger.so
zend_debugger.allow_hosts = 192.168.1.1, 127.0.0.1
zend_debugger.expose_remotely = always
Опция 
allow_hosts в данном случае позволяет нам дебажить с локального хоста и с машины 192.168.1.1.
Запускаем 
Zend Studio. Выбираем место, в котором желаем остановиться во время выполнения (breakpoint). Делается это двойным щелчком по полоске левее номеров строк:
  | 
| Breakpoint in Zend Studio | 
Производим следующие действия:
  | 
| Действие над треугольничком | 
  | 
| Действие над менюшкой | 
Далее открывается примерно такое диалоговое окно:
  | 
| Указываем URL, по которому необходимо производить дебаг | 
Если все успешно - то дебагер после запуска встанет на первой адекватной строчке index.php (эту настройку тоже можно сменить, но не буду углубляться). Если дебагер не сработал, то, возможно, вам поможет мануал по установке, который я упомянул в самом начале. Основные горячие клавиши для работы с дебагом можно увидеть во всплывающих подсказках на кнопках управления непосредственно дебагом.
Таким образом, мне удалось запустить пошаговый дебаг в 
Zend Studio. Буду рад, если кому-то это сможет пригодиться.